Прообраз Иисусовой молитвы представлен в Евангелии (Мк.10:46-52): когда Иисус Христос выходил из Иерихона, у дороги сидел слепой Вартимей, «сын Тимея». Услышав, что здесь Иисус Назорей, слепой начал кричать и говорить: «Иисус, Сын Давидов! помилуй меня». Многие заставляли его молчать, но он еще более стал кричать: «Сын Давидов! помилуй меня»…
Также некоторое сходство молитва Иисусова имеет с молитвой хананеянки, которая кричала Иисусу: «Помилуй меня, Господи, Сын Давидов, дочь моя жестоко беснуется» (Мф.15:22).
Подобно Вартимею и хананеянке просил Бога о помиловании и мытарь из евангельской притчи: «Боже! будь милостив ко мне грешнику!» (Лк.18:13).
Свт. Игнатий (Брянчанинов) отмечает, что «моление молитвою Иисусовою есть установление Божественное. Установлено оно не чрез посредство пророка, не чрез посредство Апостола, не чрез посредство Ангела; установлено Самим Сыном Божиим и Богом. После тайной вечери, между прочими возвышеннейшими, окончательными заповеданиями и завещаниями, Господь Иисус Христос установил моление Его именем (см.: Ин.14:13,14; Ин.16:23,24)».
Начиная с V века практика Иисусовой молитвы никогда не прекращалась и достигла своего расцвета в XIII–XIV веках среди подвижников-исихастов, многие из которых подвизались на горе Афон.
Свт. Симеон Солунский писал об Иисусовой молитве, что она «есть и молитва и обет, есть исповедание веры, орудие общения со Святым Духом, проводник божественных даров, очищение сердца, отгнание демонов, вселение Христа, источник духовных мыслей и божественных помыслов, освобождение от грехов, врачевство душ и телес, посредница божественного озарения, привлечения Божия милосердия, раздаятельница откровений и божественных таин для смиренных и источник спасения, так как носит в себе и спасительное имя Бога нашего».